Nonostante discendesse da una famiglia di ingegneri, nel 1876, all'età di 21 anni, si iscrisse alla facoltà di Scienze Naturali dell'Università di Pavia. Paolo aveva già partecipato con passione a gare ciclistiche. Il 2 gennaio 1875 aveva vinto la Milano-Lecco; dopo tale vittoria gli era stata comminata una penalità di 15' per la successiva Milano-Vercelli di 72 km, disputata il 9 aprile 1875. In questa competizione si classifica secondo, dietro Luigi Greco (4 ore 9'), con 4 ore e 4', realizzando il miglior tempo effettivo. Terzo, Attilio Bauer, con 4 ore e 24'. L'anno successivo passa alla storia "sportiva" per aver vinto la prima grande classica del ciclismo italiano, la Milano-Torino, disputata nel 1876. Alle quattro del mattino otto valorosi concorrenti si presentarono al via con il loro velocipede. Una folla di diecimila spettatori attese festante all'arrivo, a Torino in corso Giulio Cesare nel tardo pomeriggio. Finirono la corsa in quattro; degli altri quattro si persero le tracce lungo il percorso. Tempi eroici.
Al termine di 150 chilometri di gara risultò vincitore in volata proprio Paolo Magretti, con la lentissima media di 13,3 chilometri orari, davanti a Ricci e Balbiani.
In seguito è diventato naturalista ed esploratore, famoso per i suoi studi sugli insetti imenotteri ed i Musei di Storia Naturale di Genova, Milano e Firenze gli affidarono incarichi per la determinazione e la classificazione delle collezioni entomologiche raccolte da altri naturalisti in esplorazioni antecedenti e fino ad allora mai studiate.
Nonostante la sua predilezione per lo studio entomologico, Magretti non intraprese mai la carriera accademica, ma si occupò strenuamente delle attività economiche di famiglia; accostò infatti, a quello naturalistico, lo studio della bachicoltura e dell'entomologia agraria. La famiglia Magretti infatti possedeva molti terreni situati a Cassina Amata di Paderno Dugnano, Comune in cui si stabilì definitivamente verso la fine dell'800.
Paolo Magretti fu membro a più titoli della Società Italiana di Scienze Naturali (SISN), della Società Entomologica Italiana (SEI) e partecipante attivo di molte altre società scientifiche e geografiche del tempo.
Alla sua morte, come era desiderio dello scienziato, la famiglia Magretti donò tutte le collezioni entomologiche al Museo di Storia Naturale di Genova che ancora le custodisce gelosamente.