Partenza ufficiale alle 12.31. Al via 166 corridori sotto un cielo molto nuvoloso ma non piove.
Il gruppo procede compatto e al km 16,600 transita al primo dei due GPM (cat. 3°) della giornata: in cima al Passo della Collina Wegmann precede Mazzoleni, Moos e tutto il gruppo che poi compatto comincia la discesa verso Pistoia.
L'andatura è abbastanza tranquilla (media prima ora di corsa 33,200 km/h) e dal gruppo escono solo alcuni corridori per visita parenti e amici: il primo è Giordani seguito da B.Lancaster, Fornaciari, Petacchi e Popovych. Ancora nessun tentativo di rilievo mentre il gruppo supera il cartello che indica 100 km all'arrivo. Al km 88 abbandono di Gadret e dopo tre ore di corsa la media è sempre modesta (33,700 km/h). Comincia l'ascesa al GPM di Poggio di Sugame con il gruppo sempre compatto, ma dopo poco attaccano in tre: Borrajo, R. Marin e Illiano. I primi due vengono ripresi dal gruppo mentre evade anche Aebersold che raggiunge il battistrada Illiano. Al km 110, a circa 3 km dal GPM, cade Petacchi che però si riprende e torna in sella. Il gruppo ritorna compatto ad un paio di km dal GPM, ma subito attacca Vanotti A. e, dopo un attacco non andato a buon fine di R. Mazzoleni, dal gruppo esce anche Moos che riprende il battistrada e al GPM transita primo Moos davanti a Vanotti mentre dietro il gruppo sfilacciato è regolato da Wegmann.
Dopo il GPM il messicano Perez Cuapio esce dal gruppo e raggiunge i due battistrada; adesso il vantaggio dei tre di testa è di soli 6", ma in breve il gruppo maglia rosa riprende i fuggitivi.
La corsa è molto movimentata e attaccano Muraglia, Loda e Vanotti; i tre hanno un vantaggio di 12" su Wegmann, Aranaga Azkune e Piccoli. Il gruppo della maglia rosa ha un ritardo di 38" anche se è ancora molto allungato. I terzetto al comando viene raggiunto dagli inseguitori (nel frattempo Wegmann si è rialzato) e alle spalle dei 6 battistrada (Muraglia, Loda, Vanotti, Aranaga, Piccoli e Lanfranchi) il grosso del gruppo si è ricompattato e si lancia all'inseguimento, guidato dagli uomini della Saeco e della Fassa Bortolo, con un ritardo che adesso è di 58".
Si avvicina l'Intergiro di San Giovanni Valdarno (km 134) a 50 dall'arrivo; l'azione dei battistrada si indebolisce permettendo al gruppo di avvicinarsi notevolmente. Al passaggio all'Intergiro primo Piccoli, secondo Vanotti e terzo Lanfranchi con il gruppo ad appena 10", tirato dagli uomini della Fassa Bortolo, che in breve raggiunge tutti i fuggitivi intorno al km 144.
Mancano ormai meno di 40 km all'arrivo e la Fassa Bortolo continua a fare un'andatura sostenuta in testa al gruppo compatto.
Al km 166 caduta all'interno del gruppo causata dal tracciato reso viscido dalla pioggia. Rimangono coinvolti Van Velzen, Siymens, Tonkov, Vila Errandonea, Righi e Schnider; tutti però riescono a rialzarsi e a riprendere la corsa.
Il gruppo entra nel circuito finale e transita una prima volta sotto la linea del traguardo di Civitella in Val di Chiana. In testa risalgono posizioni gli uomini della Domina Vacanze che affiancano i Fassa Bortolo. Arrivano anche gli uomini Alessio e siamo ormai ai -2; nel rettilineo finale caduta a centro strada per Mario Cipollini che si tocca con un compagno di squadra e coinvolge altri corridori, ma la volata è già lanciata e Petacchi si impone su McEwen. In classifica generale nessuna variazione.