Nacque il 16 dicembre del 1883 a Moorslede in Belgio. Van Hauwaert fu l'unico fiammingo ad entrare nella ristretta cerchia degli assi internazionali dei primi due lustri del secolo scorso, prima dell'avvento di Odile Defraye e Philippe Thijs.
Cyrille raggiunse quella posizione a suon di risultati molto positivi e di condotte comunque sempre protagoniste. Per queste sue caratteristiche, fu il primo ad essere definito "Leone delle Fiandre". Il suo terreno ideale, al fine di mostrare pienamente le sue qualità, fu quello delle grandi classiche di un giorno, e di primavera, in special modo. Non disdegnò nemmeno il Tour de France, dove però non era in grado di eccellere, a causa di una certa incostanza.
Nel 1907, dopo un brillante secondo posto nella Parigi-Roubaix, trionfò con una vantaggio nettissimo nella Bordeaux-Parigi, a quei tempi classica seconda a nessuno e gara dal fascino che farebbe ancora tanto bene al ciclismo iper-moderno d'oggi.
La primavera dell'anno successivo consegnò Cyrille alla storia del pedale per una impresa che poi riuscì solo all'irlandese Sean Kelly nel 1986: vincere nella stessa stagione Milano-Sanremo e Parigi-Roubaix. Ma Van Hauwaert stava per fare un magnifico tris con la Parigi-Bruxelles, dove fu costretto ad inchinarsi al solo Petit Breton e non gli riuscì per poco il poker, con la Bordeaux-Parigi, dove giunse ancora secondo dietro al francese Trousselier.
Nel 1909 partecipò al Tour de France, imponendosi nella tappa d'apertura, l'ormai per lui solita Parigi-Roubaix. Si piazzò poi quinto nella classifica generale finale. In precedenza, aveva vinto nuovamente e col medesimo piglio, la Bordeaux-Parigi e si era laureato campione belga assoluto.
Nel 1910 vinse la Parigi-Menin e colse nelle gare più importanti solo piazzamenti, ma tutti di prestigio assoluto: fu secondo nella Roubaix dietro a Lapize, terzo nella Parigi-Bruxelles e quarto nella classifica finale della Grande Boucle.
Dal 1911 Cyrille Van Hauwaert iniziò ad alternare l'attività su strada con quella su pista. Su strada non trovò più gli acuto di un tempo anche se fu ancora protagonista e colse significativi piazzamenti, in particolare due secondi posti, alla Parigi-Tours nel 1911 e alla Parigi-Bruxelles nel 1913. Su pista, invece, fu un evidente ancora per parecchi anni, specialmente in qualità di seigiornista. La sua vittorie più belle furono nella Sei Giorni di Bruxelles, che vinse nel 1914 in coppia con John Stol e nel 1915 con Joseph Van Bever.
Cyrille Van Hauwaert è morto, novantunenne, il 15 febbraio 1974, a Zellik in Belgio.