Francesco Frisoni nasce il 16 novembre 1983 nella cittadina di Isola della Scala (Verona). Inizia a correre giovanissimo indossando la maglia del Veloce Club Isolano sotto la direzione di Mario Morelato nella categoria GS (1994) per poi passare alla categoria Allievi (1999) dove coglie la sua prima vittoria in un arrivo solitario a Pegognaga (MN). Passa alla categoria Juniores con il G.S. Cadidavid di Roberto Girelli nelle stagioni 2000 e 2001, vincendo a Forli, Villanova di Medicina (BO), San Marco (RA), Osio Sotto (BG), Castel d'Azzano (VR) e ottenendo vari piazzamenti nei dieci. Nel 2002 passa dilettante under23 alla Tagicar Zen MG di Roberto Cordioli ottenendo vari piazzamenti di rilievo. L'anno seguente arrivano due vittorie, nel Trofeo Città di Montecchio con una grande volata e a Rho dopo una fuga. Nel 2004 inizia la stagione con la Tagicar, ma dopo la vittoria di Paderno di Ponzano Veneto indossa la livrea della Egidio Unidelta sotto la direzione dell'esperto Bruno Leali. Nel 2005 vince ad Ornago in uno sprint su venti atleti. Nelle stagioni 2006 e 2007 nessuna vittoria ma con l'esperienza accumulata sia su strada che in pista, guadagna i gradi di capitano e regista della squadra.