Nel corso della sua carriera il corridore bergamasco Flavio Giupponi ha ottenuto le maggiori soddisfazioni al Giro d'Italia.
Nel Giro del 1986 vinse la cronometro a squadre con la Del Tongo capitanata da Saronni e vestì per diversi giorni la maglia bianca di miglior giovane, perdendola però sulle ultime montagne.
Nel 1987, capitano indiscusso dopo l'uscita di classifica di Saronni, ottenne il 5° posto finale dimostrando una grande regolarità.
L'anno successivo la Del Tongo vinse nuovamente la cronometro a squadre e Giupponi alla fine fu 4°.
Il suo anno migliore fu però il 1989, con il 2° posto finale e la vittoria a Corvara. Se non fosse stata cancellata la tappa del Gavia causa maltempo Giupponi avrebbe potuto vincere quel Giro? Forse sì, perché la sua condizione nel finale era in crescita, ma bisogna anche tener conto del fatto che quell'anno Fignon era davvero forte e determinato a vincere la corsa rosa dopo la delusione del 1984.
Negli anni successivi per Giupponi sono da segnalare la vittoria al Giro dell'Appennino nel 1990, alcuni piazzamenti nelle prime 15/20 posizioni della classifica generale del Giro d'Italia e in particolare nel 1992 il secondo posto nella tappa del Terminillo alle spalle del fortissimo scalatore colombiano Luis Herrera.