Marco Saligari nelle categorie giovanili si aggiudica numerose vittorie sia su pista che su strada. Di rilievo il Campionato Lombardo allievi su pista nell'individuale a punti (1981), il Campionato Lombardo e Italiano su pista nell'inseguimento a squadre e il Campionato Brianteo su strada (1981). Nel 1982 veste la maglia azzurra dell'inseguimento a squadre dilettanti juniores agli europei. Sempre nella nazionale juniores partecipa in Nuova Zelanda al Campionato Mondiale Dilettanti. Nel 1983 vince il titolo provinciale su strada. Nel 1984 ottiene nove vittorie e si classifica 1° tra i corridori della seconda categoria al Giro D'Abruzzo (6° assoluto). Con la U.S. Negrini nel 1985 si aggiudica 14 vittorie tra le quali la Classicissima Milano-Rapallo. E' azzurro in Francia al Tour dell'Avvenire e al Giro dell'Asia, che si aggiudica con tre vittorie su cinque tappe. Nel 1986 vince una tappa al Giro del Belgio e difende i colori italiani al Campionato Mondiale di Colorado Springs al fianco di Maurizio Fondriest.
Nel 1987 passa professionista con l'Ariostea, imponendosi subito all'attenzione dei tecnici e della stampa. Soprannominato il Commissario, Marco Saligari vince un Giro della Svizzera, un Giro della Calabria e il Gran Premio di Lanciano, va a segno in diverse tappe al Giro d'Italia, al Giro della Svizzera, alla Parigi-Nizza, al Giro di Catalogna e al Giro del Trentino. Brilla anche nelle prove di Coppa del Mondo: terzo ad un'Amstel Gold Race, ottavo in una Liegi-Bastogne-Liegi. Indimenticabile resta la sua vittoria al Giro d'Italia con arrivo in salita in Val Varaita dopo una lunghissima fuga solitaria.