Fabiano Fontanelli comincia a correre a dodici anni tra gli esordienti. Suo padre era stato un corridore e gli aveva trasmesso questa passione: guardava sempre le corse e Fabiano, piccolino, le guardava con lui. La sua prima bicicletta è stata proprio quella del padre, gliela rubò e abbassò completamente la sella per arrivare ai pedali.
La sua prima vittoria l'ottiene da allievo e ad essa è legato un aneddoto curioso. Era Pasqua, la settimana era stata fredda, e Fabiano non aveva in programma nessuna gara e non si era allenato. Nella sua zona, poi, è usanza che nei giorni festivi si mangino i tortellini e si dice che siano pesanti se poi si va a correre in bici. Dopo aver pranzato, suo padre gli suggerì di partecipare ugualmente alla gara e che al massimo avrebbe fatto finta di fare un allenamento. E invece vinse, nonostante i tortellini.
Dopo un'ottima carriera giovanile passa professionista nel 1989 con la speranza di riuscire a fare almeno qualche anno, poi invece ha corso per quindici stagioni. La prima vittoria da prof è una tappa del Giro di Calabria dopo soli tre mesi da professionista: una grande emozione, perché vincere tra i professionisti è un po' il sogno di tutti i ragazzi.
Nel 2003, al momento dell'addio alla bici, saranno trentasette le vittorie scritte nel suo palmarès, La sua carriera è stata tutto sommato positiva: l'unica cosa sulla quale può recriminare è la poca costanza durante tutta la stagione. Gli sarebbe piaciuto vincere una tappa al Tour o una grande classica come la Sanremo, ma ha scelto di fare il gregario a Pantani (le ultime sei stagioni alla Mercatone Uno) e così sono sfumate alcune occasioni personali, compensate ampiamente però da altre soddisfazioni come il giro ai Campi Elisi al fianco di Marco in maglia gialla. Proprio a Pantani è legato il momento più brutto della sua carriera: nel '99 quando lo mandarono a casa dal Giro d'Italia.
Cessata l'attività a trentanove anni, ventisette dei quali passati in bicicletta, Fabiano mette la sua esperienza al servizio dei dilettanti di una squadra faentina. Accetta di buon grado la proposta di Roberto Drei, team manager della Reda Mulinari, e diventa direttore sportivo.