Buon passista, Gianmarco Agostini è stato un valido pistard nelle categorie giovanili ma non è mai passato professionista. Cinque titoli italiani nel suo palmares: due da juniores nel 1989 (inseguimento e km da fermo), due da dilettante nel 1990 (km da fermo e Ins. a squadre), uno open (Ins. a squadre 1996). Nel 1989 è stato bronzo iridato nella corsa a punti juniores mente l'anno seguente ha preso parte ai Mondiali dilettanti nell'Inseguimento a squadre (eliminato nelle qualificazioni).
E' un maledetto giorno del 1991 quando Gianmarco, dopo aver indossato la maglia azzurra in tre Campionati del Mondo e con un contratto pronto per diventare professionista dopo i Giochi Olimpici di Barcellona, incomincia a sentire un forte dolore alla testa, così forte che non riesce nemmeno più a salire in bici. Gli diagnosticano una sinusite, ma il dolore non passa e qualche giorno dopo va in ospedale per un check-up più approfondito e dopo una Tac scoprono che ha una massa tumorale al cervello. Gianmarco si sottopone ad un primo intervento di un'ora ma senza esserne troppo preoccupato (gli hanno detto che è una ciste), il suo solo pensiero è tornare ad allenarsi per i Mondiali e le Olimpiadi. Purtroppo l'operazione non ha successo e da li a breve arriva l'intervento vero e proprio. Undici ore di operazione e si risveglia dopo un paio di giorni. Appena possibile e dopo aver avuto l'autorizzazione dai medici Gianmarco riprende ad allenarsi, prima come riabilitazione e poi con l'intento di tornare a gareggiare. Gianmarco risale in bici e torna a gareggiare, come riserva del quartetto pista riesce ad andare alle Olimpiadi di Barcellona, e diventa Campione Italiano pista nel 1996 (ins. squadre open). Successivamente continua a gareggiare e vincere come amatore.